El módulo de formación profesionalizante de sistemas de producción agroforestal tiene 15 créditos académicos de carácter optativo que equivalen a 675 horas totales. Se impartirá de manera mixta durante el segundo y tercer semestre. El doctorando durante este periodo de formación podrá elegir entre los siguientes cursos: Planificación y diseño agroforestal de fincas, Sistemas agroforestales, Sistemas silvopastoriles, Biodiversidad y servicios eco sistémicos.

Investigar modelos de agroforesteria adaptados al contexto nicaragüense, identificar especies y sistemas agroforestales que promuevan la resiliencia y la diversificación de ingresos para los productores, así como evaluar el impacto ambiental y socioeconómico de estos sistemas.