El módulo de formación profesionalizante de Agricultura ecológica tiene 15 créditos académicos de carácter optativo que equivalen a 675 horas totales. Se impartirá de manera mixta durante el segundo y tercer semestre. El doctorando durante este periodo de formación podrá elegir entre los siguientes cursos: Bases ecológicas para la producción sostenible, Reproducción y evaluación de controladores biológicos, Diagnósticos fitosanitarios, Manejo ecológico y fertilidad del suelo, Administración sostenible y conservación del recurso Agua, Manejo ecológico de plagas (Insectos, enfermedades y arvenses) en cultivos agrícolas.
Profundizar en investigaciones que impulsen prácticas agrícolas sostenibles y orgánicas, explorar técnicas de manejo del suelo, control de plagas y fertilización que minimicen el impacto ambiental y promuevan la biodiversidad, así como analizar los beneficios socioeconómicos para los agricultores.
