El módulo de formación profesionalizante cuenta con15 CA y es de carácter optativos que equivalen a 675 horas totales. Se impartirá de manera mixta durante el segundo y tercer semestre. El doctorando durante este periodo de formación podrá elegir los cursos ofertados en los siguientes módulos: Producción Animal, Sanidad Animal, Producción agroforestal, Agricultura ecológica, Sistema de Innovación Agropecuaria, Investigación (Tesis doctoral).
El módulo de formación profesionalizante como un espacio dinámico y crucial dentro del programa, está enfocado a desarrollar las competencias específicas acorde con las líneas de investigación establecidas y fortalecer la capacidad de investigación, fomentar la resolución de problemas reales y promover la aplicación efectiva de conocimientos en el contexto del sector agropecuario nicaragüense.